市档案馆设6个内设机构：

（一）办公室。负责本单位日常运转工作，承担文秘、信访、会务、机要、保密、档案、安全、后勤、财务等工作。组织起草综合性材料、重要文件，组织拟订制度规范。负责人大政协建议提案和领导重要批示件督办工作。负责本单位干部人事管理、机构编制、离退休干部服务管理等工作。负责组织开展馆际合作和对外交流。

（二）宣传文化处。负责档案、党史、地方志宣传和文化建设工作。负责档案研究、编纂和档案史料出版及馆信息工作。承担馆教育基地建设，举办档案史志展览、陈列。

（三）保管利用处。负责拟订馆藏档案资料收集范围和工作方案并组织实施。承担市级机关、团体、企事业单位各种载体档案资料、档案数字资源等接收、征集工作并提供相关的指导服务。负责馆藏档案资料整理、鉴定、保管、统计、数字化数据化和档案库房的日常管理工作。承担档案资料查阅利用工作，承担政府公开信息查阅和定期向社会开放档案工作。

（四）信息科技处。负责馆档案信息化工作。负责馆信息系统建设和信息化设施设备的配置、管理与维护。负责市级档案及馆际档案数据备份与异地备份工作。承担市级重要公共数据、电子档案数据的长久保存和日常管理。组织开展档案保护、区域内档案信息资源共享利用等技术的研究与应用。

（五）党史文献处。负责舟山地方党史和文献资料的征集、研究、编写工作。指导、审查各县（区）和市级部门党史、文献编修工作。

（六）地方志工作处。负责舟山历代志书、当代地方志、年鉴等档案和史志资料的征集、研究、编写、审查工作。指导、审查各县（区）和市级部门地方志、综合年鉴编修工作。